公元十四世纪诞生了德语区第一批大学，它们是布拉格查理大学（1348年），奥地利维也纳大学（1365年），德国海德堡大学（1386年）和科隆大学（1388年）。在1798年，科隆大学被当初占领这个地区的法国人关闭，改为中学。1919年，科隆市政府在1901年建立的商业学院基础上重建了科隆大学，同年建起医学系，第二年又建立了法学系，科隆大学重建后仅六年便成了德国第二大的大学，当时仅次于柏林的洪堡大学。在过去几十年中，德国不仅增加了不少大学，而且所有大学的学生数量都迅速增长。1950年时，科隆大学的在校学生为5250人，1970年为19000人，1997年达到了62000人。从1960年开始，该大学全部为北威州州政府接管。科隆大学现有在校生43655名，教职员2314名，图书馆藏书220万册（2007）。

入选精英大学

2012年6月15日15时，德国科学基金委员会(Deutsche Forschungsgemeinschaft, DFG)在波恩公布最新德国精英大学名单。文理类8所：慕尼黑大学、海德堡大学、科隆大学、柏林自由大学，柏林洪堡大学、图宾根大学、康斯坦茨大学、不来梅大学；理工类3所：慕尼黑工业大学、亚琛工业大学、德累斯顿工业大学。其中， 科隆大学、柏林洪堡大学、不莱梅大学、德累斯顿工业大学、图宾根大学为首次入选，2006年入选的卡尔斯鲁厄理工大学及2007年入选的哥廷根大学、弗莱堡大学此次落选。